上海海港足球俱乐部（前身上海东亚足球俱乐部）始建于2005年，由上海东亚（集团）有限公司和上海根宝足球俱乐部基地有限公司共同出资成立，由中国上海本土教练徐根宝担任公司董事长和俱乐部主席。在徐根宝的带领下，球队自2006年开始参加职业联赛，从中乙到中甲，一路过关斩将，于2012年完成冲超。

2013年，上港集团以冠名赞助商的身份与球队结缘。
2014年11月18日，上港集团本着回报社会，为城市体育事业做贡献的初衷，完成了对上海东亚足球俱乐部的整体收购。2015赛季至今，上海海港队在中超赛场上战绩出色，2015赛季和2017赛季获得亚军，2016赛季获得季军，始终位列第一军团。

2018赛季，球队在全体教练员、运动员及工作人员的共同努力下，夺得中超联赛冠军，收获俱乐部历史上第一座中超冠军奖杯，获建队以来历史最佳战绩。在时隔23年后，为上海这座城市，再次赢得中国职业足球顶级联赛的最高荣誉。

2019年2月23日，球队夺得队史首座超级杯冠军。
亚洲赛场，2016年第一次参加亚冠联赛的球队在小组赛中以头名出线，最终进入八强。2017年，球队更进一步，闯进了亚冠四强，也创造了上海足球在亚冠赛场上的最好成绩。
近年来，队内多名球员一直是中国国家队的常客，颜骏凌、王燊超、李昂、于海、吕文君、蔡慧康、贺惯等球员均先后入选过国家队，表现稳健的“国门”颜骏凌曾三次当选中超联赛年度最佳守门员。

2021年2月，根据中国足协《关于各级职业联赛实行俱乐部名称非企业化变更的通知》文件要求，“上港集团足球俱乐部”正式更名为“上海海港足球俱乐部”。